בישול בתנור פוגע בערכים התזונתיים של המזון מכמה סיבות:
אור - ישנם ויטמינים, מינרלים, חומצות שומן וערכים תזונתיים נוספים אשר מתחמצנים באור, ובתנור האור תמיד דולק והדלת בדרך כלל עם זכוכית שיהיה ניתן לראות מבחוץ.
חום גבוה - באפייה בתנור משתמשים לרב מעל 150 מעלות ולפעמיים גם מעל ל200. בחום כזה הרבה מהערכים התזונתיים נהרסים.
זמן - זמן אפייה ובישול בתנור הוא בדרך כלל בין 20 דקות לשעה ולפעמיים גם יותר. ככל שתאריכו בבישול הערכים התזונתיים במזון ינזקו יותר.
הישתמשו בתנור לאפיית לחמים, עוגות ועוגיות. אך המעיטו לחמם באמצעותו מזונות אחרים.