מכיוון שאנטיביוטיקה הורגת גם את החיידקים החיוביים שבגוף היא בכך מחלישה את מערכת החיסון (מערכת ההגנה)
כאשר מערכת ההגנה נחלשת כתוצאה מהאנטיביוטיקה יכולים לפרוץ זיהומים אחרים המבוססים על חיידקים אחרים ממה ש"טופל" כמו חיידקי ECOLI וסטרפטוקוקים מסוגים שונים שנמצאים במערכת העיכול באופן טבעי.